Nanobiotix a creusé sa perte nette en 2017, à 26,14 millions d'euros, tandis que ses produits d'activité ont baissé de 31% à 3,7 millions. Ils correspondent au chiffre d'affaires lié au contrat de licence signé avec PharmaEngine, qui s'élève à 252 000 euros (contre plus d'1,5 million en 2016), et aux autres produits de l'activité qui s'élèvent à 3,469 millions d'euros (3,864 millions en 2016) intégrant notamment les subventions et le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) dont l'évolution est en corrélation avec le niveau d'activité de R&D.

Au 31 décembre 2017, la trésorerie de Nanobiotix s'élevait à 47,2 millions d'euros.