L'indice Nikkei a perdu 8,97 points à 19.729,74 et le Topix, plus large, a abandonné 0,65 point (-0,04%) à 1.617,25.

Après avoir perdu 1,3% mercredi, le Nikkei a débuté dans le vert avant de céder du terrain en deuxième partie de séance.

"Le marché s'est quelque peu calmé, on s'est souvenu que le marché n'avait pas subi de gros dégâts en avril lorsque la Corée du Nord avait tiré un missile", note Hiroyuki Nakai, responsable de la stratégie de Tokai Tokyo Research Center.

Les volumes ont été limités avant un week-end prolongé puisque les marchés japonais resteront fermés vendredi, jour férié au Japon.

Le yen, favorisé la veille par le mouvement général de repli sur les valeurs refuges, était pratiquement stable face au dollar au moment de la clôture, tout près du seuil de 110 pour un dollar.

Sur le marché actions, les secteurs de la banque et de l'assurance ont souffert du recul des rendements obligataires américains favorisé par la poussée d'aversion au risque: l'assureur vie Dai-ichi Life Holdings a perdu 1,01%, la banque Mitsubishi UFJ Financial Group 0,9%.

Toshiba a gagné 0,69% après le dépôt très attendu de ses résultats annuels, qui écarte pour un temps le risque d'un retrait forcé de la cote.

Mais la hausse la plus notable du jour revient au géant des cosmétiques Shiseido, qui a bondi de 13,77% après avoir revu à la hausse ses objectifs de résultats annuels et son dividende.

Sur la semaine, limitée à quatre séances, le Nikkei a reculé de 1,12%.

(Ayai Tomisawa; Marc Angrand pour le service français, édité par Véronique Tison)