L'indice Nikkei a chuté de 1,45% pour clôturer à 32 781 54, après avoir augmenté de 0,8% plus tôt. L'indice est en baisse de 2,7 % pour la semaine et affiche sa première perte hebdomadaire en 11 semaines.
L'indice plus large Topix a glissé de 1,38% à 2 264,73.
"Les investisseurs ont acheté des actions dans un premier temps après que le marché ait fortement chuté lors de la session précédente", a déclaré Shigetoshi Kamada, directeur général du département de recherche de Tachibana Securities.
"Mais ils ont commencé à se méfier des ventes possibles vers la fin du mois, alors que les fonds de pension tentent de rééquilibrer leurs portefeuilles. Le pouvoir de vente a dépassé la force d'achat".
Le propriétaire de la marque Uniqlo, Fast Retailing, a chuté de 2,38 % et a été le plus grand frein au Nikkei. L'investisseur technologique SoftBank Group a perdu 2,39 % et le fabricant de tranches de silicium Shin-Etsu Chemical a chuté de 1,62 %.
Les sociétés de négoce ont perdu 3,38 % et sont devenues le secteur le plus touché parmi les 33 sous-indices industriels de la Bourse de Tokyo.
L'indice a gagné près de 18% ce mois-ci après que le milliardaire Warren Buffett a augmenté sa participation dans le secteur.
Mitsubishi Corp a perdu 4,38%, Marubeni a glissé de 3,42% et Itochu a perdu 3,96%.
Les services publics ont augmenté de 1,23 % pour devenir l'un des deux secteurs en territoire positif, Tokyo Electric Power Holdings ayant bondi de 6,31 % pour devenir le plus grand gagnant du Nikkei.
Le fabricant de médicaments Eisai a augmenté de 2,47 % et le brasseur de saké Takara Holdings a progressé de 2,35 %.
Sur les 225 titres composant le Nikkei, 32 ont progressé, 191 ont reculé et deux sont restés stables (rapport de Junko Fujita ; édition de Rashmi Aich).