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Le Nikkei était en baisse de 1,2 % à 40 273,29 à 2 h 02 GMT, tandis que le Topix plus large avait glissé de 1,36 % à 2 761,32.
"Le marché est prudent quant à une éventuelle intervention sur le marché des changes. Il n'est pas clair à quel niveau et quand le gouvernement japonais interviendra", a déclaré Shuji Hosoi, un stratège senior chez Daiwa Securities.
"Les investisseurs étrangers sont désireux d'acheter des actions japonaises, mais ils veulent les acheter à bas prix. Ils surveillent donc l'ampleur de la chute du yen."
Le yen est tombé mercredi à son plus bas niveau depuis 34 ans par rapport au dollar, ce qui a incité les trois principales autorités monétaires japonaises à tenir une réunion d'urgence pour discuter de la faiblesse du yen.
Lors d'un briefing qui a suivi, Masato Kanda, diplomate en chef chargé des questions monétaires, a déclaré qu'il n'excluait pas de prendre des mesures pour répondre à des mouvements désordonnés sur le marché des changes.
Le yen s'est échangé pour la dernière fois à 151,33 contre le dollar.
Jeudi, le Nikkei a également été tiré vers le bas par les actions ex-dividende, perdant environ 260 points après que plusieurs de ses composants aient été ex-dividende, selon les stratèges.
Le fabricant d'équipements de test de puces Advantest a chuté de 2,01% pour devenir le plus grand frein au Nikkei, tandis que le fabricant d'équipements de fabrication de puces Tokyo Electron a perdu 0,63%.
Fast Retailing, propriétaire de la marque Uniqlo, a reculé de 0,75 %.
Les 33 sous-indices industriels de la Bourse de Tokyo, à l'exception de trois d'entre eux, ont chuté, les fabricants de papier perdant 4,88 % et devenant le plus mauvais élève de l'indice.
Les explorateurs énergétiques ont progressé de 0,93 %, devenant ainsi le secteur le plus performant.
Sur les 225 composantes du Nikkei, 35 titres ont augmenté et 190 ont baissé.
